前一阵子忙忙碌碌始终没有时间静下来再给大家讲讲肿瘤患者基因检测的问题，终于这突如其来的疫情，又一次让我老老实实居家防疫，也有了更多的时间来回馈大家。肿瘤尤其是恶性肿瘤归根到底还是一种基因病，所以很多的肿瘤患者在手术后或是穿刺病理之后都面临着基因检测的需求，尤其是本病种下获批了靶向药适应症的患者。另一方面随着免疫治疗的发展，很多人在治疗前也需要基因检测来筛选是否符合免疫治疗，或是否有爆发免疫治疗超进展的基因突变。但对于纷乱的基因检测套餐大家有时很迷茫，今天就给大家解决这个问题。基因检测套餐的种类对于任何检测公司而言，注意是任何公司能选或可选的套餐无非也就是三种：人类全基因组测序（WGS）、全外显子测序（WES）、全突变检测（大panel），对于广大肿瘤患者尤其是想进行临床级肿瘤靶向基因检测，而非消费级的基因检测的朋友，注意找任何一个检测公司的时候所要做的无非就是选择该公司以上三种检测套餐的某一种。下面我说说这三种套餐的优缺点。最简单的第一种WGS检测最全、最好，当然也最贵，除非有科研用途否则不建议。第二种WES（全外显子测序）这个是FDA认证的进行肿瘤突变负荷TMB（免疫治疗有效性指标）检测的“金标准”，也是许多罕见病国外检测的金标准。全外显子组测序只需针对外显子区域的基因序列测序，测量2万左右基因数据即可，能实现更高的测序深度，变异检测更加准确，也更加简便、经济、高效。如果经济条件允许这个无疑是最合适的，当然这个价格大概也要两万大多人民币。第三种全突变的检测，这种一般是针对临床常见的几百个基因检测的大panel靶向测序，简单的讲就是全外显子缩水版，退而求其次的，但价格确实也更亲民，更具可及性一些，这个类型的套餐如果超过两万RMB就是被黑了。剩下一些单病种或是小panel套餐做起来就没有什么意义了大家注意躲坑。全外显子检测的优缺点全外显子组测序（WES）就是利用序列捕获技术或者靶向技术将全基因组外显子区域DNA捕获富集后进行高通量测序，外显子占基因组的比例低，只需针对外显子区域的基因序列测序，测少量数据即可实现更高的测序深度。全基因组重测序（WGS）当然能够更全面地挖掘全基因组范围内的序列差异和结构变异，包括单碱基突变、插入缺失变异、拷贝数变异和结构变异（SNV、SNP、InDel、CNV、SV）。但是人类基因组上外显子和非翻译区（UTRs）占总序列的1-2%，但却包含多达85%疾病相关的基因突变。所以全外显子变异检测更加准确，也更加简便、经济、高效。样品要求全血样本、PBMC（外周血单核细胞）、新鲜冻存组织、FFPE样本均可用于全外显子测序；如果做全外显子测序，起码DNA起始量为ng，且浓度不低于10ng/ul。全外显子测序一般更加适合有些许降解或者DNA量较低的样品。测序深度不同公司的技术能力不同测序深度也不同，但如果要进行WES，在全外显子测序有不同的捕获平台（Nimblegen、Illumina，Agilent，Twist等），起码捕获区域在30Mb-60Mb之间，如Nimblegen捕获平台捕获特异性50-60%。Agilent捕获特异性60-70%。12Gb左右的数据就可以得到X的有效测序深度（这里的深度不是针对全基因组，而是针对有效捕获的区域）。由于由于肿瘤的异质性，肿瘤内部有很多亚克隆，有些亚克隆的占比很低，为了更更快、更经济地检测出普通测序深度难以发现的体细胞突变。选择各家外显子测序起码深度在X-X为宜。
声明：*本文旨在科普肿瘤研究前沿动态，涉及的信息仅供参考，请遵从医生或其他医疗卫生专业人士的意见或指导。
一拳哥本拳
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